Uit archeologisch bodemonderzoek (2006) en landschap historisch onderzoek (2023) is de conclusie getrokken dat er ten zuiden van de huidige borg een voorloper heeft gestaan. Het voormalige borgterrein bestond uit een verhoogd podium met een steenhuis uit de 13e of 14e eeuw. Het steenhuis (de voormalige borg) was dus gelegen op een podium. Toen Piloersema aan het eind van de 16e eeuw in ruïneuze toestand verkeerde, is de huidige borg in het begin van de 17e eeuw ca 100 meter ten noorden van de voormalige borg herbouwd. In het land is een verhoging waar te nemen en deze grond is aangemerkt als archeologisch monument.
De benaming ‘borg’ wordt gebruikt voor een versterkte plaats of een kasteel. De naam Piloersema is waarschijnlijk ontleend aan de familie Pylosum of Pijloetsem. Zekerheid daarover is er niet. Het huis wordt voor het eerst genoemd in een stuk uit 1521. Vermoedelijk is dit steenhuis eind zestiende eeuw beschadigd geraakt in de strijd tegen de Spanjaarden. De Piloersemaborg was toen in bezit van jonker Johan de Mepsche die een geducht tegenstander was van de Spanjaarden. Hij moest vluchten en is in 1588 in Dantzig overleden.
Zijn kleinzoon, ook Johan de Mepsche geheten, heeft de huidige borg in 1633 laten bouwen of herbouwen. De namen van hem en zijn echtgenote Aylke Tho Nansum staan in een gevelsteen bij de zij-ingang van de borg.
In 1652 erfde een achter achterneef, ook Johan de Mepsche geheten, de borg en verhuurde die aan een boerenfamilie. Sindsdien was er een boerenbedrijf in gevestigd tot aan het overlijden in 1991 van de laatste Wierenga-bewoners. ( Jan Tonnis Wierenga en Cornelia Wierenga-van der Valk)
In 1699 werd de borg verkocht aan het boerenechtpaar Pieter Jacobs Busch of Bos(ch) en Wiske Jacobs Scholtens. In 1702 lieten zij de grote Friese schuur bouwen. Er is daarvan een gevelsteen te vinden in de zuidmuur.
Bij de borg hoorde het heerlijk recht van ‘zwanendrift’. Zwanendrift is een gebruik uit de middeleeuwen en de houder mocht knobbelzwanen houden voor dons, veren en vlees. Dat recht werd alleen aan voorname lieden verleend. Aangezien de familie Bos Rooms-Katholiek was konden zij dit recht niet uitoefenen. In 1701 hebben zij de heerlijke rechten van de borg verkocht aan Jonkheer Evert Joost Lewe van Aduard. Een zwanenhalsband in een kast van de zaal herinnert aan dit recht van zwanendrift.
Door vererving ging de borg in 1728 over naar dochter Grietje Pieters Bos die trouwde met Arien Pontius. Tot 1798 bleef de borg in deze familie. Toen kocht Kornelis Jacobus Boelens, getrouwd met een kleindochter van Grietje Pieters Bos, de borg. Boelens was boer en de eerste maire (burgemeester) en later schout van de gemeente Aduard. Hij was een zeer belezen man en bestuurder. Toen hij in 1822 overleed had hij een kast met meer dan 150 boeken. Het is voor zover bekend de grootste en belangrijkste bibliotheek die in ‘Boelens’ tijd door een Groninger boer bijeen werd gebracht. Zijn erfgenamen hebben in maart 1837 de borg verkocht aan Tonnis Bartels Wierenga. Hij kocht de borg voor de somma van 20.000 gulden. Over deze Wierenga, ook wel ‘Tun van Beswerd’ genoemd, gaat het verhaal dat hij door slimmigheid erg rijk is geworden.
Tegen het einde van de Franse tijd moesten de Fransen hals over kop vluchten voor de vijand. Ze hadden nog wat goud en sieraden en dat werd in een ton gedaan. Tun van Beswerd werd gecharterd om die ton met paard en wagen te vervoeren. De vijand was echter sneller en de Fransen zijn gevlucht met achterlating van de wagen met de waardevolle ton. Tun heeft toen, naar het verhaal wil, de ton met goud in een diepe sloot gerold. Later toen iedereen vertrokken was en de kust veilig heeft hij de ton weer opgevist en het goud verkocht. Zo werd hij een vermogend man. Het is maar een verhaal, mogelijk in omloop gebracht door jaloerse omstanders. De werkelijkheid is veeleer dat hij geld heeft verdiend met de regelmatige verkoop van door hem gefokte paarden aan het Franse bezettingsleger.
Jan Tonnis Wierenga en Diewertje Wierenga – Wieringa bewoonden de borg en waren boeren. Zij zijn ook de eigenaren die de borg in 1870 ingrijpend verbouwden, maar daarover later meer. Zij kregen 11 kinderen, waarvan de jongste zoon Meindert de boerderij uiteindelijk over nam.
De borg bleef in de familie Wierenga en in 1944 gingen Jan Tonnis Wierenga en zijn vrouw Cornelia van der Valk de borg bewonen. Tante Corrie, zoals zij in de familie wordt genoemd, was advocate en studeerde later kunstgeschiedenis. Jan en Corrie waren achterneef en achternicht van elkaar. Toen zij trouwden was hij 34 jaar en zij 41 jaar. Hun huwelijk is zonder kinderen gebleven.
Met een vooruitziende blik is met name op initiatief van Corrie Wierenga in 1986 een Vereniging Vrienden van de Hamsterborg opgericht. Het doel van de Vereniging is de belangen van de Hamsterborg te bevorderen, desgewenst in samenwerking met anderen.
In 1991 zijn zowel de heer als mevrouw Wierenga overleden en bleek uit het testament dat een op te richten ‘Wierenga-van Hamsterborg stichting’ universeel erfgenaam was.